Foi de uma articulação da sociedade civil que surgiu em 1959 a iniciativa de criar a Associação Cultural São Paulo, entidade jurídica que deu origem ao Colégio São Domingos.
Moradores do bairro de Perdizes mobilizaram-se em torno da ideia de criar uma escola primária e secundária alternativa às demais opções educacionais existentes, até então, na localidade. Dentre as condições projetadas pelos fundadores estavam: oferta de vagas a ambos os sexos, atualidade das concepções e práticas de ensino, e que essa fosse uma instituição sem finalidade econômica e particularmente confiada às famílias.
Duas instituições referenciais em Perdizes acolheram essa iniciativa e contribuíram para sua efetivação, cada uma a seu modo: a Ordem dos Frades Dominicanos e a Pontifícia Universidade Católica de São Paulo.
A estruturação do Colégio dependia da viabilização de uma sede e da formulação de um projeto político e pedagógico que atendesse às condições postas pelos fundadores. As tratativas facilitadas pelos Dominicanos e pela reitoria da PUC-SP permitiram a aquisição do antigo casarão que havia sido residência de Alexandre Marcondes Machado Filho, político que ocupou cargos de ministro durante a Era Vargas e de presidente do Senado Federal. Bem localizado e dotado de terreno amplo, o imóvel construído em estilo normando abrigou as primeiras turmas de alunos e mantém-se restaurado e preservado em meio a outras construções modernas que se fizeram necessárias para atender ao crescimento do Colégio ao longo de sua existência.
As primeiras orientações pedagógicas contaram, na origem, com a produção acadêmico-científica da PUC-SP. Desde então, o ensino com foco na subjetividade dos alunos e na realidade social faz a diferença nessa instituição.
Do apoio original dos Dominicanos e da PUC-SP herdamos o nome do Colégio São Domingos e a participação da Fundação São Paulo, mantenedora da PUC-SP, como principal cotista da Associação Cultural São Paulo.
Do procedimento de articulação da sociedade civil e do desígnio, estabelecido na ata de fundação, de que caberia às famílias zelar pelo colégio, mantemos o espírito democrático e a gestão participativa que inclui alunos, funcionários, professores, direção e mantenedora no Conselho de Escola, expandindo assim a participação e responsabilidades pela sustentação e aprimoramento da escola.
Comemoramos, em 2010, cinquenta anos de funcionamento do colégio. O balanço histórico promovido nessa oportunidade realçou mais ainda a coerência do projeto educativo praticado nessas cinco décadas com os princípios fincados na fundação do Colégio São Domingos.